归档

用GSE176078公开矩阵复核三个乳腺癌亚型的患者级组成差异：全局族边界下15个检验0项通过BH，且在观测效应量处无一达到0.8功效。

基于配对肿瘤—正常样本，在患者级复核结直肠癌单细胞组成、状态与pseudobulk差异；先冻结可估计部分，再区分回收份额、组织组成与跨区室背景。

用GSE136103公开矩阵重做供者级组成分析：CD45分选纯度与分组共变，同一份计数矩阵在两种自洽的参照集合下给出符号相反的结论。

基于GSE156793 S3 raw exonic-count loom及作者汇总资源，完成四百万细胞全量计数闭合与胎儿级组织、日龄审计。

基于GSE111672 processed UMI counts，按患者、run和空间section复核PDAC单细胞标签与spot程序关联的证据边界。

基于GSE145926及HC4公开10x矩阵，按供者复核新冠BALF严重度相关程序、伪bulk与标签敏感性。

用GSE131907公开post-author-QC UMI矩阵，按样本和患者重新检查LUAD跨部位组成、表达状态、malignant-site差异与RNA expression-CNV边界。

基于GSE120575公开Smart-seq2 processed log2(TPM+1)矩阵，按活检、患者和时点复核黑色素瘤免疫治疗相关T/NK程序，并记录统计与注释边界。

基于Vento-Tormo et al. Nature 2018/E-MTAB-6701公开experiment design、K45 cluster和marker-gene rank表，审计母胎界面细胞组成、组织来源和解释边界。

基于Vieira Braga et al. Nature Medicine 2019/GSE130148公开counts和barcode-cell type metadata，复核人肺resection/Drop-seq公开子集中的细胞类型、marker证据和数据可得性边界。

基于Mathys et al. Nature 2019/GSE138852公开counts和covariates，复核AD与control脑核转录组中的主要细胞类型、marker证据、pooled-library构成和snRNA解释边界。

基于van Galen et al. Cell 2019/GSE116256公开单细胞数据，复核AML diagnosis和Normal BM中的造血层级、like状态、免疫背景和解释边界。

基于Parikh et al. Nature 2019/GSE116222公开表达矩阵，复核9个样本中的结肠上皮连续程序、marker一致性和样本级差异，并明确停止使用最高分硬标签及其组成比例。

基于 Han et al. GSE108097 Mouse Cell Atlas 公开 per-sample DGE，围绕跨组织免疫、上皮、基质、内皮和红系 marker 证据做复现审计，说明大图谱能支持什么、不能越界解释什么。

基于 Rosenberg et al. GSE110823 SPLiT-seq 发育小鼠脑和脊髓单核数据，复核 sample_type、作者 cluster、marker module 与监督式 progenitor-neuron 表达对比，并明确该对比不是 pseudotime 或轨迹证据。

基于 Saunders et al. DropViz 成年小鼠脑图谱 GSE116470，使用公开 metacell count matrix 复现 broad neuron/glia/vascular taxonomy、marker hierarchy、脑区构成和 striatum D1/D2 marker 边界，并明确 processed metacell 层级的解释限制。

基于 Pijuan-Sala et al. E-MTAB-6967 小鼠原肠胚和早期器官发生单细胞图谱，选择中胚层到血液/内皮发生这一子问题，复现 stage composition、haematoendothelial embedding、marker panel、module score 和解释边界。

基于 Deng et al. GSE45719 公开 per-sample expression.txt.gz 文件，复现小鼠 zygote 到 blastocyst 的阶段表达结构、marker 趋势、lineage-like score 线索，并明确 random monoallelic expression 这类 raw-level 结论的复现边界。

基于 Yan et al. GSE36552 公开 per-cell expression.txt.gz RPKM 文件，复现人早期胚胎和 hESC 的阶段结构、marker 趋势、blastocyst lineage score 线索和 processed matrix 解释边界。

基于 Campbell et al. GSE93374 公开 Arc-ME Drop-seq DGE 矩阵和细胞 metadata，复现下丘脑弓状核/正中隆起细胞图谱、神经肽 marker、tanycyte/胶质/血管注释证据和解释边界。

基于 Montoro et al. GSE103354 公开 droplet UMI 和 full-length TPM 矩阵，复现气道上皮 CFTR/Foxi1 ionocyte 稀有细胞注释、marker 组合和解释边界。

基于 Nestorowa et al. GSE81682 公开 HTSeq counts 矩阵，复现小鼠 HSPC 分化图谱中的 FACS 富集、lineage marker、signature 倾向和非离散性分化边界。

基于 Shalek et al. GSE48968 公开 allgenes TPM 矩阵，复现树突状细胞 LPS 时间响应中的炎症/NFkB、IFN/ISG、响应状态和扰动组表达边界。

基于 Darmanis et al. GSE84465 公开 read-count 矩阵，复现 3,589 个 GBM 肿瘤及迁移前沿相关单细胞的 cell type、neoplastic status、tissue label、marker program 和复现边界。

基于 Gokce et al. GSE82187 公开 log10 CPM 矩阵，复现小鼠纹状体 Neuron、Astro、Oligo、OPC、Microglia、Vascular 等细胞类型结构，并解释 protocol、marker 和 taxonomy 层级边界。

基于 Biase et al. GSE57249 公开 FPKM 矩阵，复现小鼠 zygote、2-cell、4-cell、ICM 和 TE 样本的阶段结构、marker 程序、blastomere 内差异和 processed matrix 复现边界。

基于 Haber et al. 小肠上皮单细胞公开 UMI 矩阵，深度复核 7216 个细胞中的 Stem、TA、enterocyte、Goblet、Paneth、Tuft 和 Endocrine 谱系结构，并说明 UMAP、signature 和公开矩阵的解释边界。

基于 MacParland et al. 人肝脏单细胞公开 processed expression matrix，深度复核 8444 个细胞中的肝细胞、LSEC/内皮、Kupffer/髓系、淋巴和星状细胞结构，并说明 processed matrix 不能替代空间生态位和机制实验。

基于 Puram et al. 头颈鳞癌公开 processed matrix，深度复核 5902 个细胞中的 malignant、CAF、T cell、髓系和内皮结构，并解释 p-EMT、T cell exhaustion、hypoxia signature 的复现边界。

基于 Chung et al. 乳腺癌单细胞 RNA-seq 公开 processed TPM 矩阵，复现 515 个单细胞中的肿瘤、T/B 细胞、髓系和基质结构，并说明公开矩阵层面的复现边界。

基于 Villani et al. GSE94820 两个公开表达矩阵，比较 FACS gate 与 set 层面的连续程序、观察细胞数和同矩阵分离 marker 一致性，明确 donor 缺失时的解释边界。

基于 Tirosh et al. 黑色素瘤单细胞数据 GSE72056，进一步从作者 revised processed matrix 和注释出发，复核恶性/非恶性标签、肿瘤间组成、MITF/AXL-like 程序、T cell exhaustion 和公开矩阵层面的复现边界。

基于Patel et al.经典GBM数据GSE57872，复核430个原发肿瘤单细胞的患者结构和连续肿瘤程序；患者级汇总取代硬标签组成与细胞级总体推断。

从 GSE52529 的公开 FPKM 矩阵出发，复现 Trapnell et al. 肌母细胞分化中的时间结构、PC1 分化轴和表达梯度。

基于 3934 个细胞的单细胞 qRT-PCR normalized dCt 数据，重新定义未检出下限、panel signal 和连续造血程序，保留作者实验组与重复边界。

从GSE81904公开双极细胞UMI矩阵抽取6,000个细胞，复核rod、ON、OFF和cone相关连续程序；所有marker-derived identity保持unassigned。

重新审计 GSE59739 的 799 个公开孔位、原论文 622 个神经元和本次 GMM 中的 591 个 neuron-like 分量细胞，对照 Usoskin 2015 的 11 类与现代 DRG marker taxonomy。

从 GSE76381 mouse embryo CEF 出发，优先使用作者 Cell_type，分开呈现连续 DA/progenitor program，并明确缺少 embryo/sample ID 的统计边界。

从 GSE52583 的单细胞 FPKM tracking 文件出发，核对文件分母、连续肺上皮程序、胚胎级汇总与同矩阵分离 marker 一致性。

在 Kang et al. GSE96583 PBMC IFN-beta 数据的基础上，对齐作者 batch2 metadata，过滤 singlet，补充 original individual、原文 cell type、CellTypist 注释对照和配对 IFN 响应汇总。

从 GSE65525 的 6 个 ESC 输入矩阵出发，将 d0 的技术重复嵌套到对应生物样本后汇总连续 pluripotency/differentiation program，并明确后续时间点缺少重复。

核对 GSE92495 第一方元数据后，重做 4638 个单核细胞来源巨噬细胞的 M. tuberculosis 暴露分析，分开呈现作者 cluster、连续 macrophage/IFN/抗原呈递程序和重复边界。

从 10x Genomics 公开 fresh PBMC 68k filtered matrix 出发，复核 QC、Leiden 结构、连续免疫程序、同矩阵 marker 一致性和单 donor 数据的统计边界。

基于 Tasic et al. 公开小鼠视觉皮层单细胞数据 GSE71585，复现 1,749 个作者 QC 通过细胞的 broad type、primary type、marker、signature score 和聚类对照，重点解释 glutamatergic、GABAergic、astrocyte、oligodendrocyte、OPC、microglia 和 endothelial 结构。

基于Paul et al. GSE72857公开UMI表，复核8,751个祖细胞中的连续谱系程序、分开marker一致性和8只小鼠的程序中位数，撤回硬标签组成与细胞级总体推断。

基于 Darmanis et al. 公开人脑单细胞数据 GSE67835，复现 466 个人脑细胞的表达图谱，重点检查 neurons、astrocytes、oligodendrocytes、OPC、microglia、endothelial 以及 fetal-like/replicating 类群的 marker 支撑和复现边界。

基于 Xin et al. 2016 Cell Metabolism 公开人胰岛单细胞数据 GSE81608，复现 1600 个 RPKM 样本中的 alpha、beta、delta 和 PP 细胞结构，结合 non-diabetic 与 T2D metadata、marker、signature 和 beta cell 状态分数解释复现边界。

基于 GSE124395 的 12622 个细胞，分开呈现作者数字 cluster、无监督结构、连续肝脏 marker program、独立留出 marker 和样本来源边界，不再把最高分程序强制写成细胞身份比例。

基于 Baron et al. 经典人胰腺单细胞数据 GSE84133，复现 4 个 human donor、8569 个细胞和 20125 个基因的胰腺细胞图谱，重点解释 alpha、beta、delta、gamma、acinar、ductal、stellate、endothelial 和免疫细胞的 marker 证据、组成差异与复现边界。

基于 Habermann et al. 公开肺纤维化单细胞数据 GSE135893，围绕 11.4 万个已注释细胞复现 IPF、ILD 与对照肺组织中的 epithelial、immune、endothelial 和 mesenchymal 图谱，重点解释 AT2、KRT5-/KRT17+、MUC5B+、macrophage、myofibroblast 和纤维化 ECM 信号。

从 GSE63472 processed logDGE 中固定抽取 8000 个细胞，按 GEO 的 7 个实验样本和 4 个采集日整理连续视网膜 program，并撤掉最高分身份比例。

基于 MacParland et al. 2018 Nature Communications 人肝脏单细胞数据 GSE115469，复现 8444 个细胞的 hepatocyte、LSEC、portal endothelial、cholangiocyte、macrophage、T/NK/B/plasma 等图谱，并检查肝细胞、内皮和 Kupffer/髓系相关 marker。

基于 Haber et al. 2017 Nature 小肠上皮单细胞数据 GSE92332，复现 7216 个小鼠小肠上皮细胞的 Stem、TA、Enterocyte、Goblet、Paneth、Tuft 和 Endocrine 谱系图谱，并用 marker 与 signature 检查细胞身份。

基于 Puram et al. 2017 Cell 头颈鳞癌单细胞数据 GSE103322，复现 5902 个细胞的恶性细胞、成纤维细胞、T 细胞、内皮、B 细胞、巨噬细胞等主要图谱，并检查 p-EMT、T 细胞耗竭和缺氧相关信号。

基于 Zeisel et al. 2015 年 GSE60361 主矩阵，复核 3,005 个细胞的无监督结构、连续脑区室程序、同矩阵 marker 一致性和无 donor/batch 时的解释边界。

基于Tabula Muris GSE109774脾脏SmartSeq2/FACS子集，拼接1,718个单细胞CSV，区分9个cluster、1,704个mapped cells和6只小鼠，并以连续免疫程序取代硬标签组成。

基于 Villani et al. 2017 年 GSE94820 两个公开表达矩阵，复核 2,294 个细胞的无监督结构、FACS gate 来源、连续 DC/单核细胞程序和同矩阵 marker 一致性。

基于 GSE85241 的 4 位供体 processed UMI 矩阵，分开呈现 Leiden、供体结构、连续胰腺 program 和留出 marker；撤掉无 margin 的 cluster 身份计数与比例。

基于 Tirosh et al. 2016 Science 经典黑色素瘤单细胞数据 GSE72056，复现恶性细胞、T 细胞、B 细胞、巨噬细胞、CAF、内皮细胞和 NK 细胞组成，并对 MITF/AXL 状态与 T 细胞耗竭信号进行图谱化解读。

从公开 GEO 数据 GSE96583 出发，复现 Kang et al. 经典 PBMC IFN-beta 刺激单细胞数据，展示质控、UMAP、细胞注释、IFN marker、响应评分和与原始文献的对照解读。