科学更正(2026-07-19): 早期页面曾用全细胞 p-EMT score 解释 patient/site 差异,该分数受 Fibroblast/Endothelial 等基质 compartment 混杂;相关全细胞 patient/site 结论已撤回。本文现将 p-EMT 结论限制在作者标注的 Cancer 细胞内,全细胞 cell-group score 图只用于显示这种混杂边界。patient ID 按
HN/HNSCC/HNSCC_三种公开列名前缀统一解析:原论文纳入 18 位患者,当前公开列名可恢复 17 个患者 ID;109 个 combo pooled 细胞单列,不进入患者统计。HNSCC8 和 HNSCC23 没有作者标注的 Cancer 细胞,所以 Cancer-cell patient signature 只纳入 15 位,并在图中标出每位患者的 Cancer cell 数。
这是一篇围绕 Puram et al. 头颈鳞癌单细胞经典数据的深度复现记录。重点不在重复一张 UMAP;关键在于把 GSE103322 的特殊文件结构、患者来源、恶性细胞、CAF/基质、T cell、p-EMT、T cell exhaustion 和 hypoxia 相关信号放在同一条证据链里解释。
论文和数据来源
论文、数据和公开矩阵信息如下。这里先把来源和矩阵层级交代清楚。
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 论文 | Puram et al. Cell, 2017 |
| 研究问题 | Primary and metastatic HNSCC tumor ecosystems |
| PubMed | PMID 29198524 |
| 公开数据 | GSE103322 |
| 公开矩阵 | processed expression matrix |
Puram et al. 这篇文章的经典之处在于,它不只做肿瘤细胞聚类;关键在于把头颈鳞癌样本中的恶性细胞、成纤维细胞、T 细胞、B 细胞、髓系细胞、内皮细胞和其他低丰度群体一起作为 tumor ecosystem 来解释。原文中特别有影响力的是 partial EMT,也就是 p-EMT 相关程序,这一点后来经常被用作肿瘤侵袭、淋巴结转移和肿瘤-基质互作讨论的入口。
本文使用 GEO 公开 processed expression matrix。GEO 页面未提供 raw reads,因此本文定位是 processed matrix 层面的深度复现:复核公开 metadata、主要细胞类型、marker 证据、患者组成和 signature 方向,不声称完成 FASTQ 级重新比对。
这个数据集的公开文件很有代表性。表达矩阵里嵌入了 metadata 行,细胞列同时携带 patient、classified cancer / non-cancer、lymph node、non-cancer cell type 和 plate 等信息。如果不先解析这些 metadata,后面的表达矩阵会被读错,甚至可能把说明行当成基因。Puram 这篇深度复现的第一层工作,就是把公开文件重新拆成“细胞信息”和“表达值”两部分。
processed matrix 的边界也要放在前面。本文可以讨论 Cancer、Fibroblast、T cell、B cell、Macrophage、Dendritic cell、Endothelial 等 cell group 是否能被 marker 支持,也可以复查 p-EMT、T cell exhaustion、hypoxia 和 fibroblast/ECM score 的表达位置;但不能从这个文件里重新评估 reads 比对、细胞过滤、CNV、恶性细胞判定流程或原文所有统计模型。
为什么这篇值得单独做加深分析?
主体复现已经能展示主要 UMAP、marker 和几个 score。但这篇文章值得加深的是三件事。
第一,文件结构本身就有复现门槛。GSE103322_HNSCC_all_data.txt.gz 的前几行不等于基因;逐细胞 metadata;如果不先拆解这些行,很容易把 metadata 当成表达矩阵。
第二,肿瘤单细胞数据必须保留 patient context。HNSCC 样本之间细胞组成差异很明显,不能把某个患者主导的信号写成普遍规律。
第三,p-EMT、T cell exhaustion 和 hypoxia 这些词很容易被写重。严肃复现应该区分“公开矩阵中能看到 signature 倾向”和“机制已经被证明”这两件事。
这里还要加上第四点:HNSCC 这类肿瘤生态系统数据,必须同时读 malignant、stromal 和 immune 三条线。p-EMT 往往在恶性细胞和基质/ECM 背景之间发生解释纠缠;T cell exhaustion 只能在 T cell compartment 内部更合理;hypoxia score 可能受肿瘤细胞状态、检测深度和应激反应共同影响。如果不先把三条线拆开,文章会把所有高分都写成一个笼统的“肿瘤进展机制”。
Puram 数据适合深度复现,正是因为它给了我们足够多的交叉检查点:cell group、patient、site flag、marker、signature 和 selected marker heatmap。每一个检查点都不能单独决定结论,但它们组合起来,可以把公开 processed matrix 中能看见的 tumor ecosystem 写得更稳。
这篇文章的难点也在这里。HNSCC 不是一个只看恶性细胞就能讲完的数据集,CAF、T cell、myeloid、endothelial 等微环境细胞会影响对 p-EMT、hypoxia 和 exhaustion 的解释。深度复现要做的是把这些信息拆开再合上:先分别确认 malignant、stromal、immune 的证据,再讨论它们在 patient 和 site 背景下的组合。若把所有 score 放在一张图里直接升格成机制,文章看起来热闹,结论反而会变薄。
这篇文章要避免的三种偷换
第一种偷换,是把 p-EMT score 直接写成转移。p-EMT 是原文有影响力的方向,但公开矩阵里的 score 只是代表基因表达倾向。若要把它写成转移机制,需要结合 malignant cell 内部分析、site 信息、患者来源、原文模型和更多验证。本文只把它写成公开矩阵中可见的 p-EMT-like 程序。
第二种偷换,是把 fibroblast/ECM 信号写成空间邻近。CAF 和 ECM marker 能说明基质相关表达存在,但没有空间坐标时,不能说明这些细胞和某些 malignant cell 在组织中邻近。Puram 这篇能支持 tumor ecosystem 的表达层面复核,不能替代空间病理或组织切片证据。
第三种偷换,是把 exhaustion score 写成免疫治疗反应。PDCD1、LAG3、HAVCR2、CTLA4、TIGIT、TOX 等基因可以提示 T cell exhaustion-like 方向,但没有 TCR、抗原特异性、治疗信息和功能验证时,文章只能谈表达程序,不能推断免疫治疗结局。
深度复现方法与流程
本文的处理顺序从数据层级开始:解析 GSE103322 processed matrix 中嵌入的 metadata 行;整理 classified cancer / non-cancer、lymph node、non-cancer cell type、patient 和 plate 信息;保留公开矩阵表达值,复核主要 cell group 和 patient-level composition;使用 marker dotplot 检查恶性上皮、T/B 细胞、髓系、内皮和 fibroblast/CAF 证据;基于 p-EMT、T cell exhaustion、hypoxia 和 fibroblast/ECM gene set 计算探索性 score;增加 site composition、patient balance、signature heatmap 和 selected marker heatmap,用于深度解释;把结果与原文主线和公开数据边界逐项对照。这组处理先确认公开矩阵能支撑哪些问题,再把结果图解释限制在当前证据内。
处理这类文件时,最容易出错的地方通常不在算法参数,而在矩阵和 metadata 的边界。Puram 的公开文件把说明性信息和表达矩阵放在同一个文本文件中,复现时需要先识别哪些行是逐细胞 metadata,哪些行才是基因表达。若把前几行说明当成基因,marker、score 和 UMAP 都可能继续生成,但生物学解释已经错了。
因此本文的分析顺序刻意从文件结构开始,而不是直接进入降维。先确认 patient、lymph node、classified cancer / non-cancer 和 non-cancer cell type,再做 cell group、marker 和 signature。这个顺序看起来慢,但它能守住肿瘤单细胞复现的边界:患者来源、组织来源和 cell group 结构没有确认前,不应讨论 p-EMT、耗竭或缺氧这类更吸引人的词。
数据规模和主要组成
公开矩阵进入分析前,先确认数据层级和规模。
| 项目 | 数值 |
|---|---|
| cells | 5,902 |
| genes after filter | 19,973 |
| source-paper patients | 18 |
| recoverable patient IDs | 17 |
| pooled combo cells excluded from patient statistics | 109 |
| cancer cells | 2,215 |
| fibroblasts | 1,440 |
| T cells | 1,237 |
从组成上看,Cancer、Fibroblast 和 T cell 是这组数据的三个主要支柱。B cell、Macrophage、Dendritic cell、Mast cell、Endothelial 和 Myocyte 也存在,但部分群体细胞数较少,适合做 marker 复核,不适合过度拆分。

图 1. 头颈鳞癌 tumor ecosystem 的主要细胞群 UMAP。Cancer、Fibroblast 和 T cell 构成主要结构,低丰度免疫和内皮群体提供微环境背景。
图 1 先回答“这组公开矩阵能不能恢复 tumor ecosystem 的大结构”。Cancer、Fibroblast 和 T cell 是最主要的三条线,B cell、Macrophage、Dendritic cell、Mast cell、Endothelial 和 Myocyte 则提供微环境背景。这个结构说明后续可以讨论 malignant-stromal-immune 平衡,但不能把低丰度群体拆得过细。
这里的组成必须和采样设计一起读。它能说明当前公开矩阵里哪些群体被观察到、样本或组织标签是否均衡,但不能直接外推成真实组织比例或临床差异。对于 HNSCC 这种患者差异很强的数据,细胞群比例更适合作为后续解释背景,而不是临床结论。
图 1 还提示了后续文章应按 compartment 组织。Cancer 细胞负责恶性上皮和 p-EMT 相关问题,Fibroblast 更接近 CAF/ECM 背景,T cell 是 exhaustion-like 程序的合理解释范围,Macrophage/Dendritic/Endothelial 等低丰度群体提供微环境补充。把这些 compartment 混在一起比较 score,容易得到看似强烈但很难解释的全局差异。
patient effect:先看来源,再讲状态

图 2. UMAP 按 patient 着色。不同患者在表达空间中并不完全均匀混合,提示 patient-level heterogeneity 是解释 p-EMT、CAF 和 T cell signal 时必须保留的背景。
图 2 把 patient context 放到最前面。不同患者在表达空间中的分布并不均匀,这说明后面的 p-EMT、CAF、T cell exhaustion 和 hypoxia 不能只看全体细胞平均。某个患者贡献了更多 Cancer 或 Fibroblast,都会影响全局 score 的形状。
读这部分先看数据入口是否可靠。细胞数、基因检测、样本标签和矩阵层级决定了后面所有图能解释到哪里;如果这些信息没有对齐,后续降维、marker 和组成图都只能算视觉结果,不能作为复现证据。
patient effect 对 Puram 数据不是该删掉的噪音,它是解释肿瘤生态系统时必须保留的变量。肿瘤单细胞数据经常同时包含真实患者差异、取样差异、组织来源差异和技术差异。公开复现无法一次性拆清全部来源,但至少要把 patient 标签放到图上,让读者知道某个信号是否可能由少数患者主导。

图 3. 患者层面的主要细胞群比例。不同患者中 Cancer、Fibroblast 和 T cell 的比例差异明显。
这两张图说明,肿瘤单细胞复现不能只看总体图。患者 A 的主要结构可能由恶性细胞主导,患者 B 可能有更高基质比例,患者 C 可能 T cell 更明显。若不把 composition 放进去,后续 signature score 很容易被误解。
患者组成图还有一个作用:它帮助决定后续分析应该在哪里分层。p-EMT 最好在 Cancer 细胞内读,CAF/ECM 程序最好回到 Fibroblast 或 stromal 背景,exhaustion 更适合在 T cell 子集里解释。如果所有细胞混在一起看,patient composition 会把这些问题混成一个平均值。
这一步也是后续建模的入口。若要把 p-EMT 与 site 或 clinical feature 联系起来,最低限度也要按 patient 和 cell group 汇总;若要比较 exhaustion-like 程序,则应在 T cell 内部做子集分析。本文作为公开复现,只展示 composition 和 signature 的基本证据,不把它直接写成患者分型。
主要细胞身份是否有 marker 支撑?

图 4. 主要 cell group 的 marker dotplot。Cancer 细胞中上皮/鳞癌相关 marker 更突出,Fibroblast 中 ECM/CAF marker 更高,T/B/髓系/内皮群体也有对应 marker 证据。
marker dotplot 是这篇复现的底层证据。公开 metadata 给出标签,但标签必须用表达支撑。Cancer 细胞中的 EPCAM、KRT5、KRT14、TP63 等信号,Fibroblast 中的 COL1A1、COL1A2、DCN、VIM、MMP2 信号,T cell 中的 CD3D/CD3E/NKG7/PDCD1 等信号,共同支持了主要 compartment 的划分。

图 5. 选定 marker 的 cell group-level mean expression heatmap。它把 marker dotplot 中的关键信号压缩成一张热图,便于比较恶性上皮、CAF、T cell、髓系和内皮的方向。
图 5 的作用是把 marker dotplot 的信息压到 cell group 层面。Cancer、Fibroblast、T cell、B cell、myeloid 和 endothelial 方向如果在平均表达上也能分开,说明主要标签并不只是 UMAP 上的颜色,而有成组 marker 支撑。
这类图要按成组证据来读。单个基因高表达只能提供线索,只有 marker panel、signature score、metadata 和组成信息互相支持时,才适合写成细胞身份、状态或谱系倾向。对于低丰度群体,heatmap 只能作为方向检查,不能直接支撑很细的亚型结论。
图 4 和图 5 合在一起,可以防止两个常见误读。一个误读是完全信任 metadata,把作者标签原样搬进文章;另一个误读是只看 UMAP 形状,忽略 marker 是否支持。Puram 这种肿瘤数据必须两边都看:metadata 给出 cell group 起点,marker 检查这些标签是否与表达信号一致。
p-EMT、T cell exhaustion 和 hypoxia:看见信号不等于机制闭环

图 6. p-EMT 相关程序评分。该 score 用于观察 TGFBI、VIM、MMP2、LAMC2、ITGA5、SERPINE1 等基因构成的表达倾向。
p-EMT 是原文最重要的方向之一,但复现时必须谨慎。p-EMT gene set 中包含 ECM、迁移、应激和上皮状态相关基因,它可能在恶性细胞和基质相关区域同时出现。因此,正确表达应该是“公开矩阵支持 p-EMT 相关表达程序的可见性”,而不等于“单靠这张图证明了转移机制”。
这张图的下一步读法应该回到 Cancer compartment。若 p-EMT score 主要在 malignant cell 内部变化,可以继续做 malignant-only program 分析;若 score 受 Fibroblast 或 ECM-rich 区域影响,就要区分恶性细胞程序和基质背景。没有这一步分层,p-EMT 很容易被写成一个含义过宽的肿瘤进展标签。

图 7. T cell exhaustion 相关 score。PDCD1、LAG3、HAVCR2、CTLA4、TIGIT 和 TOX 提供耗竭相关表达线索,但仍需在 T cell 子集中继续细分。
图 7 只能在 T cell 语境下解释。若把 exhaustion score 放到全体细胞里排名,很容易被 T cell fraction 影响。更合适的读法是把 T cell 取出,继续拆 CD8 cytotoxic、Treg、cycling T、exhausted-like 或 memory-like 方向,再看这些 marker 是否成组出现。
T cell exhaustion 还需要避免另一个过度解释:PDCD1、LAG3、HAVCR2、CTLA4、TIGIT、TOX 等基因的共表达可以提示耗竭样程序,但没有 TCR 克隆、抗原特异性、治疗信息和功能验证时,不能把它写成免疫治疗反应预测。本文只把它作为 T cell compartment 内的表达状态线索。

图 8. Hypoxia 相关 score。VEGFA、CA9、LDHA、ALDOA、ENO1 和 SLC2A1 帮助观察缺氧相关表达趋势。
这些 score 的共同作用是帮助定位表达程序,而不等于替代模型和实验。尤其是 T cell exhaustion,下一步应在 T cell 子集内重新聚类,区分 CD8 cytotoxic、Treg、exhausted-like 和 memory-like 状态;不能直接从全图 score 得出免疫治疗相关结论。
图 6-8 合在一起,展示了这篇文章最容易被写过头的三类信号。p-EMT、exhaustion 和 hypoxia 都是很有吸引力的词,但在公开 processed matrix 里,它们先是表达方向。深度复现要让读者看到这些方向在哪里、由哪些细胞贡献、是否和 patient/site 背景有关,而不是把它们直接升级成机制结论。
Hypoxia score 也要放回数据层级里。VEGFA、CA9、LDHA、ALDOA、ENO1、SLC2A1 等基因可以反映缺氧或代谢相关表达趋势,但它们也可能受肿瘤细胞状态、检测深度、应激和样本处理影响。若要把 hypoxia 写成肿瘤区域或治疗相关机制,需要空间定位、病理区域或更多临床信息。本文只讨论公开矩阵中可见的缺氧相关表达倾向。
深度图 1:原发/淋巴结标记下的组成差异

图 9. 根据公开 metadata 中 lymph node 标记整理的 cell group composition。这个图帮助区分 site flag 与细胞组成之间的关系。
组成和交叉表需要回到采样、分选和处理流程里解释。它能说明当前公开矩阵中哪些群体被观察到、哪些标签互相吻合,但不能直接外推成组织真实比例、临床差异或完整空间生态。
这个图的价值不等于给出原发和转移的完整比较;它提醒我们:sample-site flag 是解释肿瘤生态系统的必要 metadata。如果某个细胞群主要来自某类 site,后续把它写成全局结论就需要更加保守。
site composition 图还可以帮助读者判断 p-EMT 相关问题是否值得继续。若某些 site flag 下 Cancer/Fibroblast/T cell 构成差异明显,p-EMT score 的比较就必须控制组成和 patient。否则,一个看似“转移相关”的信号,可能只是来自不同患者或不同 cell group 组成。
深度图 2:患者层面的 malignant-stromal-immune 平衡

图 10. 每个患者的 Cancer fraction 与 Fibroblast fraction,点大小表示 T cell fraction。它把患者组成差异压缩成 malignant-stromal-immune 三角关系的一个简化视图。
这个图适合用于快速判断患者之间的主要差异。有的样本更偏 malignant-rich,有的样本更偏 fibroblast-rich,也有样本 T cell fraction 更明显。它不等于正式统计模型,但非常适合在报告中提醒读者:肿瘤单细胞的信号解释要回到患者组成。
图 10 的意义在于把三个主要 compartment 放到同一个平面。p-EMT 往往在 malignant 与 stromal 解释之间摇摆,T cell exhaustion 又受 T cell fraction 影响。用 patient balance 先看 malignant-stromal-immune 背景,可以减少后面把单一 score 读过头的风险。对实际项目来说,这类图往往比单独一张彩色 UMAP 更能帮助研究者判断下一步该分析哪一类细胞。
深度图 3:signature 在 cell group 和 patient 层面的变化

图 11. p-EMT、cell cycle、hypoxia、T cell exhaustion 和 fibroblast program 在不同 cell group 中的中位数。它帮助判断 signature 主要由哪些细胞群贡献。
图 11 的关键是把 signature 放回 cell group。p-EMT 如果主要来自 Cancer 和 Fibroblast 邻近方向,解释时就要区分恶性细胞程序和基质背景;T cell exhaustion 如果主要来自 T cell,后续就应进入 T cell 子集;fibroblast program 如果集中在 Fibroblast,说明它更适合解释 CAF/ECM 背景。
组成图必须和采样设计一起读。它能说明当前公开矩阵里哪些群体被观察到、样本或组织标签是否均衡,但不能直接外推成真实组织比例或临床差异。

图 12. 17 个可恢复患者 ID 中,15 位存在作者标注的 Cancer 细胞并进入热图;HNSCC8 和 HNSCC23 的 Cancer cell 数为 0。每行标签给出 Cancer cell 数,109 个 pooled combo 细胞已排除。
这两张图把“细胞群”和“患者”两个层面分开。一个 signature 可能在某类细胞群中更高,也可能因为某个患者细胞组成不同而在 patient-level 更突出。深度复现必须把这两件事拆开,否则容易把组成差异当成状态差异。
图 12 用来定位后续建模问题。HNSCC10 只有 1 个 Cancer 细胞,HNSCC12 有 4 个,HNSCC13 有 7 个,HNSCC24 和 HNSCC7 各有 6 个;这些中位数与数百个 Cancer 细胞的患者不能按同等稳定性阅读。更强的 patient-level 结论需要最低细胞数门槛、按 cell group 的 pseudobulk、site 控制和更多患者。
这里也能看出 processed matrix 深度复现的合理上限。公开列名可识别 17 个患者标签,另有 109 个 pooled-combo 细胞;它们不能混成同一种统计单位。Cancer-cell heatmap 的实际患者分母是 15,且每位 Cancer cell 数从 1 到 662 差异很大。本文的 p-EMT patient/site 汇总只使用 Cancer 细胞,其他 program 也应分别放回对应 compartment。
与源论文主线的对照
本文与源论文主线一致的地方包括:公开矩阵能恢复 HNSCC tumor ecosystem 的主要细胞类型;Cancer、Fibroblast 和 T cell 是主要结构;p-EMT 相关信号在公开矩阵中可见;患者和 site context 对解释结果需要先确认。
本文没有完成的部分同样需要明确。第一,没有 raw reads,因此没有 read-level QC 和重新比对。第二,没有重做全部 malignant program 或 CNV 推断。第三,没有在 T cell、CAF、myeloid 内部分别做完整亚群 taxonomy。第四,没有把 p-EMT、exhaustion、hypoxia score 扩展为临床机制结论。
这个边界和原文主线并不冲突。Puram 原文的力量来自多层证据:恶性细胞程序、p-EMT、CAF 关系、免疫 compartment 和临床/组织背景。本文只复核公开矩阵层面的可见结构,因此应当把结论写成“公开数据中仍能读出这些方向”,而不是“完整重做了原文生态系统模型”。
对于项目复用来说,这样写更有价值。它告诉读者:如果手里只有 processed matrix,仍然可以整理出主要 cell group、patient composition、site flag、marker 和 signature;如果要往机制走,就必须补 raw reads、CNV、子集 taxonomy、临床信息或空间证据。
这也是 Puram 这篇相较普通图谱复现更能体现深度的地方。它同时包含 malignant-stromal-immune 三条线,是一个肿瘤生态系统数据集。文章里的每个结论都要回答“这个信号来自哪类细胞、是否受患者组成影响、是否有 site 背景、是否只是表达程序”。这些问题回答清楚,公开矩阵才能变成可复用的研究材料。
如果把 Puram 做成项目级深挖,还缺什么?
第一,需要 malignant-only 分析。p-EMT 相关问题应优先在 Cancer 细胞内讨论,必要时结合 CNV 或 malignant identity 复核。公开 metadata 给出 classified cancer 信息,但若要讨论恶性细胞内部状态转化,最好回到更完整的 malignant cell 证据。
第二,需要 fibroblast/CAF 子集分析。Fibroblast 是这组数据的主要结构之一,CAF/ECM program 与 p-EMT 的解释关系很近。继续深入时,应把 Fibroblast 单独取出,检查 COL1A1、COL1A2、DCN、LUM、MMP2、ACTA2 等 marker 的组合,而不是只用一个全局 fibroblast score。
第三,需要 T cell 子集分析。T cell exhaustion 相关 score 只有在 T cell 内部才有更清楚的解释空间。继续深入可以拆 CD8 cytotoxic、Treg、cycling T 和 exhausted-like 状态,并检查 PDCD1、LAG3、TIGIT、TOX、GZMB、NKG7 等 marker 是否形成合理组合。
第四,需要 patient/site-aware 模型。p-EMT、hypoxia、CAF/ECM 和 exhaustion 都可能受到 patient composition 和 lymph node flag 影响。更严肃的做法是按 patient 和 cell group 汇总,做 pseudobulk 或 mixed model,而不是用所有细胞混合后的 score 直接排序。
深度解读:这篇复现应该怎么读?
这篇复现回答了什么?
它回答的是:GSE103322 processed matrix 是否足以复核头颈鳞癌单细胞生态系统中的 malignant、stromal 和 immune 主轴,以及 p-EMT、T cell exhaustion、hypoxia 等原文主要方向的表达可见性。答案是可以,但解释必须保留 patient 和 site context。
raw / processed matrix 的边界在哪里?
本文使用 processed matrix,不等于 FASTQ 级重跑。它能支持 marker、composition 和 score 层面的公开复现,不能支持重新定义 read-level QC、比对、UMI 计数、CNV 推断完整流程或原文全部统计模型。
主图应该怎么读?
先看图 1-3,明确细胞类型和患者组成;图 4-5 判断注释是否有 marker 支撑;图 6-8 读 p-EMT、exhaustion 和 hypoxia 的表达位置;图 9-12 再把 site、patient 和 signature 放在一起检查。
哪些地方不能过度解释?
不能把 p-EMT score 直接写成转移机制,不能把 T cell exhaustion score 写成免疫治疗反应,不能把患者组成差异写成普遍规律,也不能忽略低丰度群体的统计不稳定性。
如果继续深入,下一步做什么?
下一步可以在 Cancer 细胞内做恶性程序和 CNV-aware 分析,在 T cell 子集中做耗竭/细胞毒/Treg 拆分,在 Fibroblast 子集中做 CAF/ECM 状态拆分,并把原文 p-EMT gene set 与当前公开矩阵 score 做逐项对照。
小结
Puram HNSCC 深度复现说明,一篇严肃的肿瘤单细胞复现不能只停留在 UMAP。更有用的是把公开矩阵结构、metadata、patient composition、marker 证据、signature score 和复现边界连起来。这样得到的文章既能说明原文主线为什么成立,也能告诉读者哪些结论只能作为公开矩阵层面的观察,不能被写成机制定论。