生物信息分析笔记

用GSE176078公开矩阵复核三个乳腺癌亚型的患者级组成差异：全局族边界下15个检验0项通过BH，且在观测效应量处无一达到0.8功效。

基于配对肿瘤—正常样本，在患者级复核结直肠癌单细胞组成、状态与pseudobulk差异；先冻结可估计部分，再区分回收份额、组织组成与跨区室背景。

用GSE136103公开矩阵重做供者级组成分析：CD45分选纯度与分组共变，同一份计数矩阵在两种自洽的参照集合下给出符号相反的结论。

基于GSE156793 S3 raw exonic-count loom及作者汇总资源，完成四百万细胞全量计数闭合与胎儿级组织、日龄审计。

基于GSE111672 processed UMI counts，按患者、run和空间section复核PDAC单细胞标签与spot程序关联的证据边界。

基于GSE145926及HC4公开10x矩阵，按供者复核新冠BALF严重度相关程序、伪bulk与标签敏感性。

用GSE131907公开post-author-QC UMI矩阵，按样本和患者重新检查LUAD跨部位组成、表达状态、malignant-site差异与RNA expression-CNV边界。

基于GSE120575公开Smart-seq2 processed log2(TPM+1)矩阵，按活检、患者和时点复核黑色素瘤免疫治疗相关T/NK程序，并记录统计与注释边界。

基于Vento-Tormo et al. Nature 2018/E-MTAB-6701公开experiment design、K45 cluster和marker-gene rank表，审计母胎界面细胞组成、组织来源和解释边界。