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已发布的全部公开笔记。

• 复现Parikh et al. UC结肠上皮单细胞数据：从GSE116222到连续程序与样本边界

  2026年7月15日

  基于Parikh et al. Nature 2019/GSE116222公开表达矩阵，复核9个样本中的结肠上皮连续程序、marker一致性和样本级差异，并明确停止使用最高分硬标签及其组成比例。

• 复现 Han et al. Mouse Cell Atlas：从 GSE108097 到跨组织 marker 证据边界

  2026年7月14日

  基于 Han et al. GSE108097 Mouse Cell Atlas 公开 per-sample DGE，围绕跨组织免疫、上皮、基质、内皮和红系 marker 证据做复现审计，说明大图谱能支持什么、不能越界解释什么。

• 复现 Rosenberg et al. SPLiT-seq 发育小鼠 CNS：从 GSE110823 到监督式发育表达对比

  2026年7月13日

  基于 Rosenberg et al. GSE110823 SPLiT-seq 发育小鼠脑和脊髓单核数据，复核 sample_type、作者 cluster、marker module 与监督式 progenitor-neuron 表达对比，并明确该对比不是 pseudotime 或轨迹证据。

• 复现 Saunders et al. DropViz 成年小鼠脑图谱：从 GSE116470 到 broad taxonomy 与 striatum marker 边界

  2026年7月12日

  基于 Saunders et al. DropViz 成年小鼠脑图谱 GSE116470，使用公开 metacell count matrix 复现 broad neuron/glia/vascular taxonomy、marker hierarchy、脑区构成和 striatum D1/D2 marker 边界，并明确 processed metacell 层级的解释限制。

• 复现 Pijuan-Sala et al. 小鼠原肠胚图谱：从 E-MTAB-6967 到中胚层-血液/内皮发生证据链

  2026年7月11日

  基于 Pijuan-Sala et al. E-MTAB-6967 小鼠原肠胚和早期器官发生单细胞图谱，选择中胚层到血液/内皮发生这一子问题，复现 stage composition、haematoendothelial embedding、marker panel、module score 和解释边界。

• 复现 Deng et al. 小鼠早期胚胎单细胞数据：从 GSE45719 到阶段连续性和等位基因边界

  2026年7月10日

  基于 Deng et al. GSE45719 公开 per-sample expression.txt.gz 文件，复现小鼠 zygote 到 blastocyst 的阶段表达结构、marker 趋势、lineage-like score 线索，并明确 random monoallelic expression 这类 raw-level 结论的复现边界。