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已发布的全部公开笔记。
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LUAD 单细胞图谱复现:20.8 万个细胞之后,证据仍要回到患者级
用GSE131907公开post-author-QC UMI矩阵,按样本和患者重新检查LUAD跨部位组成、表达状态、malignant-site差异与RNA expression-CNV边界。
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黑色素瘤免疫治疗单细胞复现:从 55,737 × 16,291 的 processed TPM 矩阵到患者级证据
基于GSE120575公开Smart-seq2 processed log2(TPM+1)矩阵,按活检、患者和时点复核黑色素瘤免疫治疗相关T/NK程序,并记录统计与注释边界。
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母胎界面单细胞数据复现:从 E-MTAB-6701 到 decidua、placenta 和 blood 的资源边界
基于Vento-Tormo et al. Nature 2018/E-MTAB-6701公开experiment design、K45 cluster和marker-gene rank表,审计母胎界面细胞组成、组织来源和解释边界。
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人肺公开单细胞子集复现:从 GSE130148 到细胞类型复核和受控数据边界
基于Vieira Braga et al. Nature Medicine 2019/GSE130148公开counts和barcode-cell type metadata,复核人肺resection/Drop-seq公开子集中的细胞类型、marker证据和数据可得性边界。
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阿尔茨海默 snRNA-seq 数据复现:从 GSE138852 到细胞类型、疾病构成和解释边界
基于Mathys et al. Nature 2019/GSE138852公开counts和covariates,复核AD与control脑核转录组中的主要细胞类型、marker证据、pooled-library构成和snRNA解释边界。
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AML 单细胞数据复现:从 GSE116256 到白血病层级、正常造血和免疫背景
基于van Galen et al. Cell 2019/GSE116256公开单细胞数据,复核AML diagnosis和Normal BM中的造血层级、like状态、免疫背景和解释边界。