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复现Patel et al.胶质母细胞瘤单细胞异质性:患者结构与连续肿瘤程序
基于Patel et al.经典GBM数据GSE57872,复核430个原发肿瘤单细胞的患者结构和连续肿瘤程序;患者级汇总取代硬标签组成与细胞级总体推断。
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复现 Trapnell et al. 肌母细胞分化单细胞数据:从公开 FPKM 矩阵到 T0/T24/T48/T72 时间结构
从 GSE52529 的公开 FPKM 矩阵出发,复现 Trapnell et al. 肌母细胞分化中的时间结构、PC1 分化轴和表达梯度。
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复现 Moignard 造血发育:42 基因 qRT-PCR 能支持什么?
基于 3934 个细胞的单细胞 qRT-PCR normalized dCt 数据,重新定义未检出下限、panel signal 和连续造血程序,保留作者实验组与重复边界。
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复现Shekhar et al.视网膜双极细胞数据:ON/OFF连续程序与注释边界
从GSE81904公开双极细胞UMI矩阵抽取6,000个细胞,复核rod、ON、OFF和cone相关连续程序;所有marker-derived identity保持unassigned。
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复现 Usoskin 2015 DRG 单细胞数据:11 类如何放进现代感觉神经元分类
重新审计 GSE59739 的 799 个公开孔位、原论文 622 个神经元和本次 GMM 中的 591 个 neuron-like 分量细胞,对照 Usoskin 2015 的 11 类与现代 DRG marker taxonomy。
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复现 La Manno et al. 小鼠中脑发育数据:从 GSE76381 到 DA neuron 和 progenitor 状态
从 GSE76381 mouse embryo CEF 出发,优先使用作者 Cell_type,分开呈现连续 DA/progenitor program,并明确缺少 embryo/sample ID 的统计边界。