标签: 神经科学
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小鼠纹状体单细胞分类复现:从 GSE82187 到神经元、胶质和采样协议边界
基于 Gokce et al. GSE82187 公开 log10 CPM 矩阵,复现小鼠纹状体 Neuron、Astro、Oligo、OPC、Microglia、Vascular 等细胞类型结构,并解释 protocol、marker 和 taxonomy 层级边界。
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视网膜双极细胞单细胞数据复现:从 GSE81904 到 rod、ON/OFF 和 cone bipolar 状态
从GSE81904公开双极细胞UMI矩阵抽取6,000个细胞,复核rod、ON、OFF和cone相关连续程序;所有marker-derived identity保持unassigned。
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DRG 感觉神经元单细胞数据复现:从 GSE59739 到 nociceptor、pruriceptor 和 mechanoreceptor 状态
重新审计 GSE59739 的 799 个公开孔位、原论文 622 个神经元和本次 GMM 中的 591 个 neuron-like 分量细胞,对照 Usoskin 2015 的 11 类与现代 DRG marker taxonomy。
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小鼠视觉皮层单细胞图谱复现:从 GSE71585 到兴奋性、抑制性和胶质细胞分类
基于 Tasic et al. 公开小鼠视觉皮层单细胞数据 GSE71585,复现 1,749 个作者 QC 通过细胞的 broad type、primary type、marker、signature score 和聚类对照,重点解释 glutamatergic、GABAergic、astrocyte、oligodendrocyte、OPC、microglia 和 endothelial 结构。
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人脑单细胞图谱复现:从 GSE67835 到神经元、胶质和血管细胞结构
基于 Darmanis et al. 公开人脑单细胞数据 GSE67835,复现 466 个人脑细胞的表达图谱,重点检查 neurons、astrocytes、oligodendrocytes、OPC、microglia、endothelial 以及 fetal-like/replicating 类群的 marker 支撑和复现边界。
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小鼠脑单细胞数据复现:broad compartment 与 taxonomy 边界
基于 Zeisel et al. 2015 年 GSE60361 主矩阵,复核 3,005 个细胞的无监督结构、连续脑区室程序、同矩阵 marker 一致性和无 donor/batch 时的解释边界。