标签: 单细胞
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血液 DC/单核细胞深度复现:从 discovery/deeper 矩阵到 FACS gate 与连续免疫程序
基于 Villani et al. GSE94820 两个公开表达矩阵,比较 FACS gate 与 set 层面的连续程序、观察细胞数和同矩阵分离 marker 一致性,明确 donor 缺失时的解释边界。
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黑色素瘤单细胞深度复现:从 GSE72056 到恶性细胞程序、T 细胞耗竭和肿瘤微环境
基于 Tirosh et al. 黑色素瘤单细胞数据 GSE72056,进一步从作者 revised processed matrix 和注释出发,复核恶性/非恶性标签、肿瘤间组成、MITF/AXL-like 程序、T cell exhaustion 和公开矩阵层面的复现边界。
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胶质母细胞瘤单细胞异质性复现:从 GSE57872 到患者内肿瘤程序差异
基于Patel et al.经典GBM数据GSE57872,复核430个原发肿瘤单细胞的患者结构和连续肿瘤程序;患者级汇总取代硬标签组成与细胞级总体推断。
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肌母细胞分化单细胞数据复现:从公开 FPKM 矩阵到 T0/T24/T48/T72 时间结构
从 GSE52529 的公开 FPKM 矩阵出发,复现 Trapnell et al. 肌母细胞分化中的时间结构、PC1 分化轴和表达梯度。
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造血发育单细胞数据复现:从 42 基因 panel 到 endothelial、stem/progenitor 和 hematopoietic 状态
基于 3934 个细胞的单细胞 qRT-PCR normalized dCt 数据,重新定义未检出下限、panel signal 和连续造血程序,保留作者实验组与重复边界。
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视网膜双极细胞单细胞数据复现:从 GSE81904 到 rod、ON/OFF 和 cone bipolar 状态
从GSE81904公开双极细胞UMI矩阵抽取6,000个细胞,复核rod、ON、OFF和cone相关连续程序;所有marker-derived identity保持unassigned。