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已发布的全部公开笔记。

• 复现 Usoskin 2015 DRG 单细胞数据：11 类如何放进现代感觉神经元分类

  2026年6月20日

  重新审计 GSE59739 的 799 个公开孔位、原论文 622 个神经元和本次 GMM 中的 591 个 neuron-like 分量细胞，对照 Usoskin 2015 的 11 类与现代 DRG marker taxonomy。

• 复现 La Manno et al. 小鼠中脑发育数据：从 GSE76381 到 DA neuron 和 progenitor 状态

  2026年6月18日

  从 GSE76381 mouse embryo CEF 出发，优先使用作者 Cell_type，分开呈现连续 DA/progenitor program，并明确缺少 embryo/sample ID 的统计边界。

• 复现 Treutlein et al. 远端肺上皮发育数据：AT1/AT2 连续程序与胚胎级审计

  2026年6月17日

  从 GSE52583 的单细胞 FPKM tracking 文件出发，核对文件分母、连续肺上皮程序、胚胎级汇总与同矩阵分离 marker 一致性。

• Kang IFN-beta PBMC 深度复现：从 GEO 原始矩阵、作者 metadata 到 individual 层面的干扰素响应

  2026年6月17日

  在 Kang et al. GSE96583 PBMC IFN-beta 数据的基础上，对齐作者 batch2 metadata，过滤 singlet，补充 original individual、原文 cell type、CellTypist 注释对照和配对 IFN 响应汇总。

• 复现 Klein et al. inDrops ESC 分化数据：从 GSE65525 到多能性下降和早期分化状态

  2026年6月16日

  从 GSE65525 的 6 个 ESC 输入矩阵出发，将 d0 的技术重复嵌套到对应生物样本后汇总连续 pluripotency/differentiation program，并明确后续时间点缺少重复。

• 复现 Gierahn Seq-Well：Mtb 暴露巨噬细胞能读出哪些状态？

  2026年6月15日

  核对 GSE92495 第一方元数据后，重做 4638 个单核细胞来源巨噬细胞的 M. tuberculosis 暴露分析，分开呈现作者 cluster、连续 macrophage/IFN/抗原呈递程序和重复边界。